Le Domaine viticole des Hospices de Beaune n'utilise par d'herbicides et pratique des labours en été et en hiver.
Afin de maintenir une vie microbiologique complexe dans les sols, le Domaine évite l'épandage de produits chimiques. Les traitements font ainsi toujours l'objet d'une étude, d'une observation et d'une réflexion, et n'interviennent que parce que l'équilibre biologique naturel a été rompu.
Pour conserver cet équilibre fragile, les vignerons travaillent rigoureusement la vigne sans lui appliquer de système quelconque préétabli et utilisent des méthodes proches de la viticulture biologique. La confusion sexuelle est ainsi un exemple de méthode écologique pratiquée par le Domaine viticole des Hospices.
Les vignerons luttent contre les vers de la grappe en déposant des diffuseurs de phéronomes femelles dans les vignes de Meursault, Pommard, Volnay et Corton en partie. Ces hormones évitent les accouplements de papillons et les pontes de vers dans les grappes. De même, pour prévenir le botrytis, les vignerons du Domaine effeuillent partiellement la vigne. Ainsi, tout ce qui permet d'offrir une alternative "naturelle" à une action chimique systématique est retenu.