Entièrement sous le contrôle du régisseur, la vinification contribue à respecter la typicité et à créer l'harmonie des cuvées. Les décisions vont toujours en ce sens.

Ainsi, l'égrappage est décidé selon les millésimes : en aucun cas, la rafle ne doit dénaturer les tanins déjà présents. Si le régisseur juge que les raisins en contiennent assez, il décidera l'égrappage, sinon il vinifie avec la vendange entière. Aucune pratique n'est donc décidée de façon systématique dans les vinfications des vins du Domaine des Hospices. Les choix sont le résultat de remises en cause constantes.

Les cuvées des futurs vins rouges macèrent plusieurs jours dans des cuves en inox thermo-régulées, ce qui permet au moût en fermentation d'échanger tannins et matières colorantes avec les raisins foulés. Ensuite, le pressurage s'effectue avec des pressions pneumatiques.

Les blancs sont pressés dès leur arrivée en cuverie, puis mis en fût où se déroule la fermentation alcoolique.